因應國內疫情警戒升級，為降低群聚感染風險，中央疫情指揮中心及教育部宣布5月19日(三)起至5月28日(五)止，全國各級學校及公私立幼兒園停止到校上課，且兒童課後照顧服務中心、補習班等各類教育機構亦同時配合停課，請所有學生停止前往並在家學習。
南投縣政府教育處除依照中央規定辦理，對於各國中小線上學習部份並規劃同歩及非同步教學模式公告各校據以執行，期做到停課不停學，針對中央因防疫之停課宣布，除依教育部頒原則辦理，對全縣國中小及公私立幼兒園的重要相關配合措施有停課期間學生可至南投縣政府教育處網站停課不停學線上學習專區進行非同步學習。考量學生停課不停學需求，各國中小於停課期間視學生需求提供弱勢家庭學生平板電腦等線上學習所需設備借用服務，若學校設備不足，可由學校統一窗口專案向教育處提出申請。
教育處緊急處理同步直播課程由6所國小及3所國中的教師負責公播版線上同步課程，請各校依「學生年級」分流，從一年級至九年級可分別至埔里、南光、草屯、炎峰、南投、漳興國小及南崗、延和和埔里國中等9所學校學校網頁觀看同步課程。
為確保學校行政業務運作順利，行政人員以到校上班為原則；教師線上授課部分，授權由學校評估網路及設備資源，依其授課需求，採居家線上課程或其他彈性方式進行，教師差勤人事管理部分，由各校依可運用方式彈性處理。
學生居家線上學習者，由學校老師每天關懷學生居家上課情形，若有疫情等健康問題，請回報教育處，以確實掌握學生身體狀況及學習情形。
停課期間弱勢學生午餐仍由學校協助購買物資予以補助，12歲以下或身心障礙學童，無法在家照顧或在家學習，學校仍應提供學生到校學習及用餐，此部份由各校考量運作相關情形調查人數予以協助。
國中小新生報到即日起改線上報到或其他彈性方式報到，全面取消現場報到，新生線上報到網址https://eschool.ntct.edu.tw/new。若無法線上報到，則請家長電話聯繫學校進行報到，並通訊寄送需檢附資料。
兒童課後照顧服務中心、補習班等各類教育機構同時配合停課，請所有學生停止前往並在家學習，請各補習班及兒童課後照顧服務中心不要違規讓學生到班，避免成為防疫破口，若經查屬實將依「嚴重特殊傳染性肺炎防治及紓困振興特別條例」第16條第3款裁處新臺幣五萬元以上一百萬元以下罰鍰。
停止上課期間，教保服務人員、職員以到園為原則。教職員工如有照顧12歲以下子女需求，得申請防疫照顧假，惟不予支薪。至於幼兒園家長若因故無法在家照顧，幼兒園仍應安排人力，提供幼生到園學習、照顧和用餐。有關幼兒園、補習班、兒童課後照顧中心等相關退費標準與規定，詳細訊息請上南投縣政府教育處網站查詢。
