因應國內新冠疫情升溫，恐有社區傳染之虞，南投縣府宣布啟動應變作為，5月15、16日國中會考全縣6處考場照常舉行，考生應配合考場管制進出場動線，進入考場前量測體溫、全程佩戴口罩；不開放考生家長進入考場陪考，試場冷氣全面開放、開啟試場內四個角落窗戶；英語聽力照常施測，考場維持各試場及休息區通風、加強消毒。
中央流行疫情指揮中心依「疫情警戒標準」，11日宣布我國疫情進入第二級階段。南投縣政府就這次疫情狀況啟動應變作為，後續將視狀況再進行調整。
縣府11日發布防疫作為重點有全縣10家醫院及長照機構，11日起至6月8日止，停止開放探病及探視，陪病及陪伴者為1人。(長照機構含一般護理之家計17家、精神護理之家3家、精神復健之家4家、老人福利機構19家、身心障礙福利機構(住宿式)5家、住宿長照機構3家)
集會活動管制原則上停辦「室外 500 人以上，室內 100 人以上」集會活動。但活動若能採固定座位且為梅花座、實聯制、全程佩戴口罩、禁止飲食，活動實施提報防疫計畫報請衛生局核備後實施。
啟動「電子遊戲場、KTV及八大行業」防疫稽查，自12日起由建設處、警察局、衛生局組成防疫稽查小組，稽查重點著重在民眾進入場域應佩帶口罩，建立實聯制，執行體溫量測、手部消毒、環境清消等。
保持社交距離「夜市、傳統市場、黃昏市場」重啟防疫宣導，12日由警察局及衛生局組成防疫稽查小組，宣導保持社交距離、勤洗手、戴口罩，攤位即食食品應覆蓋或遮蔽，暫停試吃活動。攤位內若有用餐區也請攤商桌距應儘量拉開至1.5公尺或採取梅花座或運用隔板區隔，用餐時請民眾勿交談，鼓勵民眾盡量外帶。
風景區、觀光景點持續防疫宣導，預計周六、日起建設處、觀光處、警察局及衛生局共同組成防疫稽查小組，在轄內觀光風景區清境農場、溪頭、杉林溪遊樂區等宣導，請觀光景點業者透過廣播系統，提醒民眾到景點時戴口罩、勤洗手、保持社交距離。
13鄉鎮市衛生所實名制口罩販售點，於上班日(周一至周五)販售口罩，每日提供成人口罩 2,000片、兒童口罩200片，92家健保特約藥局持續販售，目前口罩供應量充足，必要時增加販售時間。
確保「新冠疫苗」接種無憂慮，目前新冠疫苗尚餘1,295劑，明日將再配送500劑，符合施打對象縣民，可到19個疫苗接種醫療院所(6家醫院及13鄉鎮市衛生所)施打，目前疫苗供應量充足，請民眾勿恐慌。
縣內各級學校辦理畢業典禮，座位應採梅花座、實聯制、全程佩戴口罩、禁止飲食。
衛生局再次呼籲，進入「八大類場域」應佩戴口罩，加強取締宣導，經勸導不聽者依法處新臺幣3,000-1,5000元以下罰鍰。
